Họ Nguyễn Phi xã Thạch Kim có nguồn gốc từ Trung Hoa. Khoảng năm 1787, thời vua Ung Chính, có loạn nhiều người sang Việt Nam làm ăn. Cụ Chung Tiên Công đến xã Ngọc Tích (tục gọi là Kẻ Moong, xưa thuộc huyện Thiên Lộc, Phủ Đức Thọ, đạo Hà Tĩnh, sau đổi về phủ Kỳ Hoa, huyện Thạch Hà, rồi đổi thành xã Kim Đôi, tổng Cánh Hoạch) – nay là xã Thạch Kim, huyện Lộc Hà, tỉnh Hà Tĩnh và làm ăn ở đây. Thời gian này thuộc triều Lê Mãn Đế ở Việt Nam.
Cụ Chung Tiên Công kết duyên với cụ bà Hà Thị Xa – con cụ Hà Tương Công, vốn cũng ở Trung Hoa sang ở làng Mị Đông (Kẻ Mỹ) nay là làng Gia Mỹ, xã Thạch Châu.
Năm 1787, hai Cụ sinh được người con trai lấy tên là Xứ.
Năm 1788, do tình hình làm ăn không được thuận lợi, cụ Chung Tiên Công phải trở về Trung Quốc một chuyến để giải quyết khó khăn của gia đình. Sau con cháu được tin khi cụ trở lại Việt Nam (đi cùng người em gái) dọc đường gặp bão, thuyền bị đắm và mất tích. Cụ Hà Thị Xa ở lại nuôi con là cụ Xứ khôn lớn, lấy họ Nguyễn tên là Nguyễn Xứ. Cụ bà mất ngày 18/5 âm lịch.
Cụ Nguyễn Xứ sinh năm Đinh Mùi (1787) cuối đời Lê Hiển Tông, thành vị Tổ đầu tiên. Cụ Xứ là người lao động chân chính, sống bằng nghề đánh cá và làm muối, sau có nghề làm thuốc đau mắt được tiếng trong vùng. Cụ Nguyễn Xứ kết duyên với cụ bà Nguyễn Thị Biền, quê làng Chí Châu, huyện Thạch Hà, sinh được 5 người con là:
1. Cụ Nguyễn Điển (thường gọi là Cố Nhạc)
Cháu năm đời là Nguyễn Phi Càn (đã mất), con trai Nguyễn Phi Anh hiện ở xã Xuân Gián, huyện Nghi Xuân, Hà Tĩnh, là tộc trưởng và trưởng chi A.
2. Cụ Nguyễn Công (thường gọi là Cố Trinh)
Cháu năm đời là Nguyễn Phi Thịnh (đã mất), con trai đầu là Nguyễn Phi Lam, nguyên cán bộ giảng dạy trường Đại học Bách khoa Hà nội, là trưởng chi B.
3. Cụ Nguyễn Vận (thường gọi là Cố Cụ) có làm bang biện tại Cửa Sót và Cửa Nhượng.
Cháu năm đời là Nguyễn Phi Quýnh (đã mất), con trai là Nguyễn Phi Đạt (đã mất), hiện em là Nguyễn Phi Dật ở xã Thạch Kim, là trưởng chi C.
4. Cụ Nguyễn Thông (thường gọi là Cố Nhuận) sinh được hai người con gái.
5. Cụ Nguyễn Thị Uyên
Cụ Nguyễn Xứ mất ngày 1/4 âm lịch. Tên húy là Nguyễn Sở. Cụ bà Nguyễn Thị Biền mất ngày 29/11 âm lịch. Con cháu cụ Nguyễn truyền nhau đến nay đã 8 đời, sống khắp vùng miền của đất nước, trong đó ở Thạch Kim (Hà Tĩnh) và Hà Nội là đông nhất.
Kế thừa và phát huy những giá trị truyền thống của dòng họ, con cháu họ Nguyễn Phi dù ở bất cứ đâu cũng không ngừng phấn đấu, rèn luyện, vươn lên trong tất cả lĩnh vực văn hóa, giáo dục, kinh tế, chính trị, xã hội,… đóng góp tích cực cho công cuộc bảo vệ và xây dựng
Trích “Diễn văn khánh thành nhà thờ” – do anh Nguyễn Phi Hùng (đời thứ 6, con cụ: Nguyễn Phi Hướng) biên soạn.